毕业生就业协议与劳动合同都有是与就业有关的文件，都具有一定的法律效力。两者不同点是：

1）毕业生就业协议书是毕业生与用人单位之间签署的就业契约，体现劳资双方在就业方面的意向，并作为学生人事关系接转和户籍迁移的依据。一份有效的就业协议书必须由毕业生、用人单位、用人单位主管部门、用人单位所在地毕业生就业调配部门（有些还需省级主管毕业生就业的行政部门）、学校共同签署意见、盖章。省主管毕业生就业的行政部门、各级人事局、公安局根据有效的就业协议书编制（下达）毕业生就业调配计划、开具毕业生报到派遣证、开具户口关系、接收毕业生（回生源地就业的，即便未签署就业协议书，按规定仍可开具毕业生报到派遣证、迁户口）。就业协议书的有效期一般为一年。因此就业协议书仅仅是毕业生在规定时间内就业的一种契约。

2）劳动合同是所有劳动者与用工单位之间签署的就业契约，体现劳资双方在就业方面的意向，规定着劳资双方在劳动时间、岗位、报酬、劳动保护等方面的权利和义务。一份有效的劳动合同除由一双方签署意见外，还需由用工单位所在地劳动管理部门（各级劳动局）鉴证、盖章，才具备法律效力。

3）毕业生无论是否与有人单位签署过就业协议，在到用人单位工作时，都应当（必须）与用人单位签署有效的合同，规定双方的权利与义务，以保护自己的合法益。